Koszty związane z wdrożeniem i funkcjonowaniem sieci obszarów Natura 2000 w zakresie nieobjętym finansowaniem przez Wspólnotę są finansowane z budżetu państwa, a także z budżetów jednostek samorządu terytorialnego oraz ze środków Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej i wojewódzkich funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej.