1. Wyznaczenie obszaru specjalnej ochrony ptaków lub specjalnego obszaru ochrony siedlisk, zmiana jego granic lub likwidacja następuje w porozumieniu z ministrem właściwym do spraw rolnictwa, ministrem właściwym do spraw rozwoju wsi, ministrem właściwym do spraw rybołówstwa i z ministrem właściwym do spraw gospodarki wodnej, w drodze rozporządzenia ministra właściwego do spraw środowiska, które określa nazwę, położenie administracyjne, obszar i mapę obszaru, cel i przedmiot ochrony. Minister właściwy do spraw środowiska, wydając rozporządzenie, kieruje się stanem siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt oraz koniecznością zachowania szczególnie cennych lub zagrożonych składników różnorodności biologicznej.
2. Nadzór nad obszarem Natura 2000 lub proponowanym obszarem mającym znaczenie dla Wspólnoty, znajdującym się na liście, o której mowa w art. 27 ust. 3 pkt 1, sprawuje właściwy regionalny dyrektor ochrony środowiska lub na obszarach morskich – dyrektor urzędu morskiego, z zastrzeżeniem art. 32 ust. 5.
3. Zmiana granic lub likwidacja obszaru specjalnej ochrony ptaków lub specjalnego obszaru ochrony siedlisk następuje, jeżeli jest to uzasadnione naturalnymi zmianami stwierdzonymi w wyniku monitoringu i nadzoru, o którym mowa w art. 31, oraz po uzyskaniu zgody Komisji Europejskiej.
4. Specjalne obszary ochrony siedlisk minister właściwy do spraw środowiska wyznacza po uzgodnieniu z Komisją Europejską w terminie 6 lat od dnia zatwierdzenia tego obszaru przez Komisję Europejską jako obszar mający znaczenie dla Wspólnoty.