1. Organem Agencji jest Prezes Agencji. 2. Do zakresu działania Prezesa Agencji należy:
1) realizacja zleceń, o których mowa w art. 31c ust. 1 i art. 31f ust. 5;
2) współpraca z Funduszem, Urzędem Rejestracji Produktów Leczniczych, Wyrobów Medycznych i Produktów Biobójczych, organami administracji rządowej i samorządowej oraz podmiotami prowadzącymi w innych krajach działalność w zakresie oceny świadczeń opieki zdrowotnej;
3) wykonywanie czynności z zakresu prawa pracy w stosunku do pracowników Agencji;
4) wykonywanie innych zadań zleconych przez ministra właściwego do spraw zdrowia.
3. Prezes Agencji kieruje Agencją i reprezentuje ją na zewnątrz.
4. Prezes Agencji wykonuje swoje zadania przy pomocy zastępcy Prezesa Agencji. Zakres zadań zastępcy Prezesa Agencji określa statut Agencji.