1. Fundusz prowadzi rachunkowość na zasadach określonych w ustawie z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (Dz. U. z 2002 r. Nr 76, poz. 694, z późn. zm.32)), z wyłączeniem art. 80 ust. 3 tej ustawy.
2. Centrala Funduszu i oddziały wojewódzkie Funduszu sporządzają samodzielnie sprawozdania finansowe.
3. Łączne sprawozdanie finansowe Funduszu, o którym mowa w art. 51 ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości, sporządza Prezes Funduszu.
4. Łączne sprawozdanie finansowe, o którym mowa w ust. 3, podlega badaniu przez biegłego rewidenta oraz zatwierdzeniu przez ministra właściwego do spraw finansów publicznych po zasięgnięciu opinii ministra właściwego do spraw zdrowia.
5. Minister właściwy do spraw finansów publicznych lub minister właściwy do spraw zdrowia może żądać dodatkowych danych dotyczących łącznego sprawozdania finansowego Funduszu.