1. Kosztami Funduszu są:
1) koszty świadczeń opieki zdrowotnej dla ubezpieczonych;
1a) (uchylony);
2) koszty świadczeń opieki zdrowotnej dla osób uprawnionych do tych świadczeń na podstawie przepisów o koordynacji;
3) koszty refundacji cen leków, wyrobów medycznych, przedmiotów ortopedycznych i środków pomocniczych;
4) koszt zadania, o którym mowa w art. 97 ust. 3 pkt 2a, 3 i 3b;
5) koszty zadań zleconych w zakresie określonym w ustawie;
6) koszty działalności Funduszu, w szczególności koszty amortyzacji, koszty związane z utrzymaniem nieruchomości, koszty wynagrodzeń wraz z pochodnymi, diet i zwroty kosztów podróży;
7) koszty poboru i ewidencji składek na ubezpieczenie zdrowotne;
9) inne koszty wynikające z odrębnych przepisów.
2. Środki finansowe Funduszu mogą być przeznaczone również na spłatę kredytów i pożyczek.