1. Kontroler podlega wyłączeniu z kontroli, z urzędu albo na wniosek, jeżeli wyniki kontroli mogą oddziaływać na jego prawa lub obowiązki, na prawa lub obowiązki jego małżonka albo osoby pozostającej z nim faktycznie we wspólnym pożyciu, krewnych i powinowatych do drugiego stopnia lub osób związanych z nim z tytułu przysposobienia, opieki bądź kurateli. Powody wyłączenia kontrolującego trwają także po ustaniu małżeństwa, wspólnego pożycia, przysposobienia lub kurateli.
2. Kontroler może być wyłączony z kontroli w każdym czasie, jeżeli zachodzą uzasadnione wątpliwości co do jego bezstronności.
3. Z wnioskiem o wyłączenie kontrolera z przeprowadzenia kontroli może wystąpić kontroler lub kontrolowany podmiot publiczny. O wyłączeniu albo odmowie wyłączenia rozstrzyga, w drodze decyzji, minister właściwy do spraw informatyzacji.