1. Od dnia wejścia w życie niniejszej ustawy nie mogą być tworzone samodzielne publiczne zakłady opieki zdrowotnej, z wyjątkiem samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej powstałych w wyniku łączenia na zasadach określonych w niniejszej ustawie oraz z zastrzeżeniem ust. 4 pkt 2.
2. Publiczne zakłady opieki zdrowotnej działające na podstawie dotychczasowych przepisów stają się z dniem wejścia w życie niniejszej ustawy podmiotami leczniczymi niebędącymi przedsiębiorcami. W terminie 12 miesięcy od dnia wejścia w życie niniejszej ustawy kierownicy tych podmiotów dostosują ich działalność oraz statut i regulamin organizacyjny do przepisów niniejszej ustawy oraz dokonają zgłoszenia do rejestru. Wnioski w tej sprawie są wolne od opłat.
3. Kierownicy publicznych zakładów opieki zdrowotnej i rady społeczne tych zakładów stają się z dniem wejścia w życie niniejszej ustawy kierownikami podmiotów leczniczych niebędących przedsiębiorcami i radami społecznymi tych podmiotów.
4. Wszczęte i niezakończone przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy postępowania:
1) w sprawie wpisania, wykreślenia i zmian w rejestrze zakładów opieki zdrowotnej prowadzonym na podstawie dotychczasowych przepisów, podlegają umorzeniu z mocy prawa;
2) w sprawie wpisów w Krajowym Rejestrze Sądowym prowadzone na podstawie dotychczasowych przepisów wobec samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej są prowadzone po dniu wejścia w życie niniejszej ustawy;
3) w sprawie czasowego zaprzestania działalności są prowadzone po dniu wejścia w życie niniejszej ustawy;
4) prowadzone na podstawie przepisów ustawy z dnia 15 kwietnia 2005 r. o pomocy publicznej i restrukturyzacji publicznych zakładów opieki zdrowotnej wobec samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej są prowadzone na dotychczasowych zasadach.
5. W zakresie nieuregulowanym w ust. 4 do postępowań wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy stosuje się przepisy dotychczasowe.
6. Jeżeli przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy ostateczna decyzja administracyjna została wydana na rzecz zakładu opieki zdrowotnej będącego jednostką organizacyjną osoby prawnej lub podmiotu nieposiadającego osobowości prawnej, z mocy prawa decyzja ta staje się decyzją administracyjną wydaną na rzecz podmiotu leczniczego, którego jednostką był dotychczasowy zakład opieki zdrowotnej.