Rozdział 1. Przepisy ogólne (art. 1-5).
Rozdział 2. Poziomy odpłatności i marże refundowanych leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego, wyrobów medycznych (art. 6-9).
Rozdział 3. Kryteria tworzenia poziomów odpłatności i grup limitowych oraz kryteria podejmowania decyzji o objęciu refundacją i zasady ustalania urzędowej ceny zbytu (art. 10-16).
Rozdział 4. Komisja Ekonomiczna (art. 17-23).
Rozdział 5. Tryb podejmowania decyzji w sprawie refundacji leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego i wyrobów medycznych (art. 24-40).
Rozdział 6. Apteki i osoby uprawnione (art. 41-49).
Rozdział 7. Kary administracyjne (art. 50-53).
Rozdział 8. Przepisy karne (art. 54-55).
Rozdział 9. Zmiany w przepisach obowiązujących, przepisy przejściowe i końcowe (art. 56-86).