1. Do dnia 31 grudnia 2006 r. zachowują moc art. 24, 117a, 121 i 122 ustawy wymienionej w art. 276 pkt 2 oraz art. 22 i 66a ustawy wymienionej w art. 276 pkt 3.
2. Do dnia 31 sierpnia 2006 r. zachowują moc art. 75–117, 118, 119 i 124–139 ustawy wymienionej w art. 276 pkt 2 oraz art. 49–66 i 67–70 ustawy wymienionej w art. 276 pkt 3.
2a. Od dnia 1 września 2006 r. do dnia 31 grudnia 2006 r. pracownicy publicznej uczelni zawodowej mają prawo do korzystania z zakładowego funduszu świadczeń socjalnych oraz nagród specjalnych na dotychczasowych zasadach.
2b. Za lata 2005 i 2006 pracownicy uczelni publicznych otrzymują dodatkowe wynagrodzenie roczne na zasadach określonych w przepisach ustawy z dnia 12 grudnia 1997 r. o dodatkowym wynagrodzeniu rocznym dla pracowników jednostek sfery budżetowej (Dz. U. Nr 160, poz. 1080, z późn. zm.46)).
2c. Do dnia 31 grudnia 2006 r.: 1) uczelnia może uzyskiwać środki finansowe z budżetów jednostek samorządu terytorialnego lub ich związków;
2) minister właściwy do spraw szkolnictwa wyższego ustala i przyznaje:
a) Akademii Obrony Narodowej, o której mowa w ustawie wymienionej w art. 248,
b) Wojskowej Akademii Technicznej im. Jarosława Dąbrowskiego, o której mowa w ustawie wymienionej w art. 249,
c) Akademii Marynarki Wojennej im. Bohaterów Westerplatte, o której mowa w ustawie wymienionej w art. 250 – dotację na działalność dydaktyczną na kształcenie osób cywilnych, uwzględniając wysokość dotacji oraz jej udział w kosztach kształcenia w uczelniach nadzorowanych przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego, a także może przyznawać dotacje, o których mowa w art. 24 ust. 1 pkt 2 ustawy wymienionej w art. 276 pkt 2;
3) uczelnia publiczna, która w dniu wejścia w życie ustawy działała na podstawie ustawy wymienionej art. 276 pkt 3, otrzymuje z budżetu państwa środki, o których mowa w art. 24 ust. 1 pkt 1, 1a, 2 i 6 ustawy wymienionej w art. 276 pkt 2;
4) uczelnia niepubliczna może otrzymać z budżetu państwa środki, o których mowa w art. 24 ust. 1 pkt 1a, 2 i 6 ustawy wymienionej w art. 276 pkt 2.
3. Dotychczasowe przepisy wykonawcze wydane na podstawie art. 4 ust. 3a, art. 4a ust. 2 pkt 1 i 2, art. 4a ust. 2 pkt 3, art. 4a ust 2 pkt 4, art. 4a ust. 2 pkt 5, art. 16 ust. 6, art. 33 ust. 2, art. 33b ust. 1, art. 143 ust. 3, art. 149 ust. 2, art. 149 ust. 3, art. 152i, art. 176 ust. 1 i art. 1781 ust. 2 ustawy, o której mowa w art. 276 pkt 2, zachowują moc do czasu wejścia w życie przepisów wykonawczych wydanych na podstawie art. 6 ust. 3, art. 9 pkt 1 i 4, art. 9 pkt 2, art. 9 pkt 3, art. 9 pkt 5, art. 29 ust. 7, art. 42 ust. 1, art. 44, art. 162, art. 167 ust. 3, art. 187, art. 192 ust. 1, art. 224, art. 228 ust. 2 niniejszej ustawy, a dotychczasowe przepisy wykonawcze wydane na podstawie art. 25 ust. 2 oraz art. 30 ustawy, o której mowa w art. 276 pkt 2, zachowują moc do dnia wejścia w życie przepisów wykonawczych wydanych na podstawie art. 95 ust. 1 i art. 105 niniejszej ustawy, jednak nie dłużej niż do dnia 31 grudnia 2006 r.
4. Dotychczasowe przepisy wykonawcze wydane na podstawie art. 11 ust. 4 ustawy, o której mowa w art. 276 pkt 3, zachowują moc do czasu wejścia w życie przepisów wykonawczych wydanych na podstawie art. 22 niniejszej ustawy, a dotychczasowe przepisy wykonawcze wydane na podstawie art. 24 ust. 2 ustawy, o której mowa w art. 276 pkt 3, zachowują moc do dnia wejścia w życie przepisów wykonawczych wydanych na podstawie art. 95 ust. 1 niniejszej ustawy, jednak nie dłużej niż do dnia 31 grudnia 2006 r.
5. Dotychczasowe przepisy wykonawcze wydane na podstawie art. 9 ust. 3 ustawy z dnia 23 grudnia 1999 r. o kształtowaniu wynagrodzeń w państwowej sferze budżetowej oraz o zmianie niektórych ustaw, zachowują moc do czasu wejścia w życie nowych przepisów wykonawczych wydanych na podstawie art. 9 ust. 3, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą.
6. Dotychczasowe przepisy wykonawcze wydane na podstawie art. 41 ustawy z dnia 14 marca 2003 r. o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki zachowują moc do czasu wejścia w życie przepisów wykonawczych wydanych na podstawie art. 41, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą.