1. Nadzór nad działalnością Funduszu sprawuje minister właściwy do spraw zdrowia.
2. Na zasadach przewidzianych w ustawie i przepisach szczególnych nadzór w zakresie gospodarki finansowej Funduszu sprawuje minister właściwy do spraw finansów publicznych, stosując kryterium legalności, rzetelności, celowości i gospodarności.