1. Działalnością Funduszu kieruje Prezes Funduszu, który reprezentuje Fundusz na zewnątrz.
2. Prezesa Funduszu powołuje Prezes Rady Ministrów, spośród osób wyłonionych w drodze otwartego i konkurencyjnego naboru, na wniosek ministra właściwego do spraw zdrowia, po zasięgnięciu opinii Rady Funduszu. Prezes Rady Ministrów odwołuje Prezesa Funduszu na wniosek ministra właściwego do spraw zdrowia, po zasięgnięciu opinii Rady Funduszu.
3. W przypadku rażącego naruszenia obowiązków ustawowych Prezes Rady Ministrów, na wniosek ministra właściwego do spraw zdrowia, może odwołać Prezesa Funduszu bez zasięgania opinii, o której mowa w ust. 2. W takim przypadku Prezes Rady Ministrów powierza kierowanie Funduszem jednemu z zastępców Prezesa Funduszu i niezwłocznie informuje o odwołaniu Radę Funduszu, przedstawiając jej uzasadnienie.
4. (uchylony).
5. Do zakresu działania Prezesa Funduszu w szczególności należy:
1) prowadzenie gospodarki finansowej Funduszu;
2) efektywne i bezpieczne zarządzanie funduszami i mieniem Funduszu, w tym gospodarowanie rezerwą ogólną, o której mowa w art. 118 ust. 5;
3) zaciąganie, w imieniu Funduszu, zobowiązań, w tym pożyczek i kredytów, z zastrzeżeniem art. 100 ust. 1 pkt 5;
4) przygotowywanie i przedstawianie Radzie Funduszu corocznych prognoz, o których mowa w art. 120 ust. 1 i 3;
5) opracowywanie projektu planu finansowego Funduszu na podstawie projektów planów finansowych oddziałów wojewódzkich Funduszu, prognoz, o których mowa w art. 120 ust. 1 i 2;
6) sporządzanie rocznego planu finansowego Funduszu po otrzymaniu opinii Rady Funduszu, komisji właściwej do spraw finansów publicznych oraz komisji właściwej do spraw zdrowia Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej;
7) sporządzanie projektu planu pracy Funduszu;
8) realizacja rocznego planu finansowego i planu pracy Funduszu;
9) sporządzanie projektu rzeczowego planu wydatków inwestycyjnych na następny rok;
10) sporządzanie sprawozdania z wykonania planu finansowego Funduszu za dany rok oraz niezwłocznie przedkładanie go ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych;
11) sporządzanie okresowych i rocznych sprawozdań z działalności Funduszu, zawierających w szczególności informację o dostępności do świadczeń opieki zdrowotnej finansowanych ze środków Funduszu;
12) nadzorowanie rozliczeń dokonywanych w ramach wykonywania przepisów o koordynacji;
13) sporządzanie analiz i ocen na podstawie informacji, o których mowa w art. 106 ust. 10 pkt 5, przekazanych przez oddziały wojewódzkie Funduszu;
14) przedstawianie Radzie Funduszu projektu systemu wynagradzania pracowników Funduszu;
15) pełnienie funkcji pracodawcy w rozumieniu przepisów Kodeksu pracy w stosunku do osób zatrudnionych w centrali Funduszu;
16) powoływanie i odwoływanie dyrektora oddziału wojewódzkiego, po zasięgnięciu opinii rady oddziału wojewódzkiego Funduszu;
17) odwoływanie dyrektora oddziału wojewódzkiego Funduszu na wniosek rady oddziału wojewódzkiego Funduszu w przypadku, o którym mowa w art. 107 ust. 4;
18) wykonywanie uchwał Rady Funduszu;
19) przedstawianie Radzie Funduszu innych informacji o pracy Funduszu – w formie, zakresie i terminach określonych przez Radę Funduszu;
20) przekazywanie ministrowi właściwemu do spraw zdrowia uchwał Rady Funduszu podlegających badaniu w trybie art. 163, w terminie 3 dni roboczych od dnia ich uchwalenia;
21) nadzór nad realizacją zadań oddziałów wojewódzkich Funduszu;
21a) przeprowadzanie kontroli, o której mowa w art. 64 i 189, jeżeli z uzyskanych informacji wynika konieczność przeprowadzenia takiej kontroli;
22) koordynowanie współpracy Funduszu z organami administracji rządowej, instytucjami działającymi na rzecz ochrony zdrowia, instytucjami ubezpieczeń społecznych, samorządami zawodów medycznych, związkami zawodowymi, organizacjami pracodawców, organizacjami świadczeniodawców oraz ubezpieczonych;
23) przekazywanie oddziałom wojewódzkim Funduszu do realizacji programów zdrowotnych zleconych przez właściwego ministra;
24) podejmowanie decyzji w sprawach określonych w ustawie;
25) ustalanie jednolitych sposobów realizacji ustawowych zadań realizowanych przez oddziały wojewódzkie Funduszu.
6. W przypadku nieobecności lub czasowej niemożności sprawowania funkcji, w okresie nie dłuższym niż 6 miesięcy, Prezesa Funduszu zastępuje, na podstawie jego pisemnego upoważnienia, jeden z zastępców Prezesa Funduszu. W przypadku śmierci osoby pełniącej funkcję Prezesa Funduszu lub niemożności udzielenia przez niego takiego upoważnienia – upoważnienia udziela Rada Funduszu.
7. Prezes Funduszu może udzielić zastępcom Prezesa, głównemu księgowemu Funduszu oraz pracownikom centrali Funduszu pełnomocnictw do dokonywania określonych czynności prawnych i upoważnień do dokonywania określonych czynności faktycznych w wykonaniu zadań, o których mowa w ust. 5. 8. Pełnomocnictwa i upoważnienia, o których mowa w ust. 7, są udzielane na piśmie pod rygorem nieważności.