1. Na podstawie ustaleń zawartych w protokole kontroli, w razie stwierdzenia naruszeń przepisów ustawy lub wydanych na jej podstawie przepisów wykonawczych organ dokonujący kontroli sporządza wystąpienie pokontrolne, w którym określa sposób oraz termin usunięcia tych naruszeń.
2. Kontrolowany podmiot, w terminie 60 dni od dnia otrzymania wystąpienia pokontrolnego, zawiadamia organ dokonujący kontroli o wykonaniu zaleceń pokontrolnych albo, w razie ich niewykonania, o przewidywanym terminie ich wykonania i przyczynach niewykonania.
3. Do zaleceń zawartych w wystąpieniu pokontrolnym przysługuje, w terminie 30 dni od otrzymania wystąpienia pokontrolnego, prawo zgłoszenia zastrzeżeń. Zastrzeżenia składa, za pośrednictwem organu dokonującego kontroli, właściwy organ kontrolowanego podmiotu do organu wyższego stopnia w stosunku do organu dokonującego kontroli, w rozumieniu przepisów Kodeksu postępowania administracyjnego, z zastrzeżeniem ust. 4.
4. Jeżeli organem dokonującym kontroli jest Prezes Rady Ministrów albo minister, zastrzeżenia składa się bezpośrednio do tego organu.
5. Bieg terminu, o którym mowa w ust. 2, ulega zawieszeniu na czas rozpatrzenia zastrzeżenia w odniesieniu do zaleceń pokontrolnych objętych zastrzeżeniem.