1. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska może zezwolić na odstępstwa od zakazów określonych w art. 51 ust. 1 pkt 1, 5 i 6 oraz w art. 52 ust. 1 pkt 1–2, 10, 11 i 14, w stosunku do gatunków:
1) objętych ochroną ścisłą;
2) objętych ochroną częściową, jeżeli zezwolenie dotyczy obszaru wykraczającego poza granice jednego województwa lub jeżeli ma to związek z działaniami podejmowanymi przez ministra właściwego do spraw środowiska, w tym dotyczącymi realizacji krajowej strategii ochrony i zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej, programów ochrony gatunków zagrożonych wyginięciem lub realizacji umów międzynarodowych.
2. Regionalny dyrektor ochrony środowiska na obszarze swojego działania może zezwolić:
1) w stosunku do gatunków objętych ochroną częściową – na czynności podlegające zakazom, określonym w art. 51 ust. 1 i w art. 52 ust. 1;
2) w stosunku do gatunków objętych ochroną ścisłą – na czynności podlegające zakazom, określonym w art. 51 ust. 1 pkt 2–4 i w art. 52 ust. 1 pkt 3–9, 12 i 13.
3. Zezwolenia na pozyskiwanie roślin, zwierząt i grzybów w lasach wydaje się w porozumieniu z właścicielem lub zarządcą lasu.
4. Zezwolenia, o których mowa w ust. 1 i 2, z zastrzeżeniem ust. 4a i 5, mogą być wydane w przypadku braku rozwiązań alternatywnych, jeżeli nie spowoduje to zagrożenia dla dziko występujących populacji chronionych gatunków roślin, zwierząt lub grzybów oraz:
1) wynikają z potrzeby ochrony innych dziko występujących gatunków roślin, zwierząt, grzybów oraz ochrony siedlisk przyrodniczych lub
2) wynikają z konieczności ograniczenia poważnych szkód w gospodarce, w szczególności rolnej, leśnej lub rybackiej, lub
3) leżą w interesie zdrowia i bezpieczeństwa powszechnego, lub
4) (uchylony),
5) są niezbędne w realizacji badań naukowych i programów edukacyjnych lub w realizacji celów związanych z odbudową populacji, reintrodukcją gatunków roślin, zwierząt lub grzybów, albo do celów działań reprodukcyjnych, w tym do sztucznego rozmnażania roślin, lub
6) umożliwiają, w ściśle kontrolowanych warunkach, selektywnie i w ograniczonym stopniu, zbiór lub przetrzymywanie roślin i grzybów oraz chwytanie lub przetrzymywanie zwierząt gatunków objętych ochroną ścisłą w liczbie określonej przez wydającego zezwolenie, lub
7) w przypadku gatunków objętych ochroną ścisłą, gatunków ptaków oraz gatunków wymienionych w załączniku IV Dyrektywy Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory (Dz. Urz. WE L 206 z 22.07.1992, str. 7, z późn. zm.; Dz. Urz. UE Polskie wydanie specjalne, rozdz. 15, t. 2, str. 102) – wynikają z koniecznych wymogów nadrzędnego interesu publicznego, w tym wymogów o charakterze społecznym lub gospodarczym lub wymogów związanych z korzystnymi skutkami o podstawowym znaczeniu dla środowiska, lub
8) w przypadku innych gatunków niż wymienione w pkt 7 – wynikają ze słusznego interesu strony lub koniecznych wymogów nadrzędnego interesu publicznego, w tym wymogów o charakterze społecznym lub gospodarczym lub wymogów związanych z korzystnymi skutkami o podstawowym znaczeniu dla środowiska.
4a. Warunek do wydania zezwolenia wymieniony w ust. 4 pkt 7 w przypadku gatunków ptaków dotyczy jedynie wydania zezwolenia na niszczenie ich siedlisk i ostoi.
5. Zezwolenia na pozyskiwanie roślin, zwierząt lub grzybów objętych ochroną gatunkową mogą być wydane, jeżeli nie spowodują zagrożenia dla dziko występujących populacji chronionych gatunków roślin, zwierząt lub grzybów.
6. Zezwolenia, o których mowa w ust. 1 i 2, mogą być wydane na wniosek zawierający odpowiednio:
1) imię, nazwisko i adres albo nazwę i siedzibę wnioskodawcy;
2) cel wykonania wnioskowanych czynności;
3) opis czynności, na którą może być wydane zezwolenie;
4) nazwę gatunku lub gatunków, których będą dotyczyć działania, w języku łacińskim i polskim, jeżeli polska nazwa istnieje;
5) liczbę lub ilość osobników, których dotyczy wniosek, o ile jest to możliwe do ustalenia;
6) wskazanie sposobu, metody i stosowanych urządzeń do chwytania, odławiania lub zabijania zwierząt albo sposobu zbioru roślin i grzybów lub sposobu wykonania innych czynności, na które może być wydane zezwolenie, a także miejsca i czasu wykonania czynności oraz wynikających z tego zagrożeń;
7) wskazanie podmiotu, który będzie chwytał lub zabijał zwierzęta.
7. Zezwolenia, o których mowa w ust. 1 i 2, zawierają odpowiednio:
1) imię, nazwisko i adres albo nazwę i siedzibę wnioskodawcy;
2) nazwę gatunku lub gatunków, których będą dotyczyć działania, w języku łacińskim i polskim, jeżeli polska nazwa istnieje;
3) liczbę lub ilość osobników, których dotyczy zezwolenie, o ile jest to możliwe do ustalenia;
4) opis czynności, na które wydaje się zezwolenie;
5) wskazanie dozwolonych metod i sposobów chwytania, odławiania lub zabijania zwierząt albo sposobów zbioru roślin i grzybów lub sposobów wykonania innych czynności, na które wydaje się zezwolenie;
6) określenie czasu i miejsca wykonania czynności, których dotyczy zezwolenie;
7) wskazanie podmiotu, który będzie chwytał lub zabijał zwierzęta;
8) określenie terminu złożenia informacji o wykorzystaniu zezwolenia.
7a. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska i regionalny dyrektor ochrony środowiska mogą dokonywać kontroli spełniania warunków określonych w wydanych przez siebie zezwoleniach, o których mowa w ust. 1 i 2.
7b. Czynności kontrolne są wykonywane przez osoby posiadające imienne upoważnienie wydane przez Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska lub regionalnego dyrektora ochrony środowiska.
7c. Upoważnienie, o którym mowa w ust. 7b, zawiera wskazanie osoby upoważnionej do wykonywania czynności kontrolnych, miejsca i zakresu kontroli oraz podstawy prawnej do jej wykonywania.
7d. Przed przystąpieniem do czynności kontrolnych osoba upoważniona do ich wykonywania jest obowiązana okazać upoważnienie, o którym mowa w ust. 7b.
7e. Osoby upoważnione do wykonywania czynności kontrolnych mają prawo do:
1) wstępu na teren należący do podmiotu kontrolowanego;
2) żądania pisemnych lub ustnych informacji związanych z przedmiotem kontroli;
3) wglądu do dokumentów związanych z przedmiotem kontroli, sporządzania z nich odpisów, wyciągów lub kopii oraz zabezpieczania tych dokumentów.
7f. Wstęp na teren należący do podmiotu kontrolowanego oraz wykonywanie czynności kontrolnych następują w obecności właściciela lub posiadacza nieruchomości.
7g. Osoba wykonująca czynności kontrolne sporządza z tych czynności protokół.
7h. Protokół podpisuje osoba wykonująca czynności kontrolne oraz podmiot kontrolowany.
7i. W przypadku odmowy podpisania protokołu przez podmiot kontrolowany protokół podpisuje tylko osoba wykonująca czynności kontrolne, dokonując w protokole adnotacji o odmowie podpisania protokołu przez podmiot kontrolowany.
7j. Zezwolenia, o których mowa w ust. 1 i 2, mogą być cofnięte odpowiednio przez Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska lub regionalnego dyrektora ochrony środowiska, jeżeli podmiot, który uzyskał zezwolenie, nie spełnia zawartych w nim warunków.
7k. Potwierdzone odpowiednim świadectwem lub zezwoleniem zwolnienie z zakazów wydane na podstawie rozporządzenia Rady (WE) nr 338/97 z dnia 9 grudnia 1996 r. w sprawie ochrony gatunków dzikiej fauny i flory w drodze regulacji handlu nimi (Dz. Urz. WE L 61 z 03.03.1997, str. 1, z późn. zm.) traktuje się w odniesieniu do okazów, dla których je wydano, jako zwolnienie równoważne wydanemu na podstawie ust. 1 i 2; dotyczy ono zakazu posiadania, przetrzymywania, chowu, hodowli, darowizny, transportu, wwożenia i wywożenia przez wewnątrzwspólnotową granicę państwa oraz czynności, które zostały w tym zwolnieniu dopuszczone.
8. Regionalny dyrektor ochrony środowiska do dnia 31 stycznia każdego roku składa Generalnemu Dyrektorowi Ochrony Środowiska raport o wydanych w roku poprzednim zezwoleniach, o których mowa w ust. 2, zawierający informacje, o których mowa w ust. 7 pkt 2–7, a także informację o wykorzystaniu zezwoleń oraz wynikach kontroli spełniania warunków określonych w tych zezwoleniach.
8a. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska do dnia 30 czerwca każdego roku składa informacje, o których mowa w ust. 8, ministrowi właściwemu do spraw środowiska.
8b. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska do dnia 30 czerwca każdego roku składa ministrowi właściwemu do spraw środowiska raport o wydanych w roku poprzednim zezwoleniach, o których mowa w ust. 1, zawierający informacje, o których mowa w ust. 7 pkt 2–7, a także informację o wykorzystaniu zezwoleń oraz wynikach kontroli spełniania warunków określonych w tych zezwoleniach.
9. Minister właściwy do spraw środowiska przygotowuje i przedstawia Komisji Europejskiej raporty dotyczące ochrony gatunkowej, których obowiązek sporządzania wynika z przepisów prawa Unii Europejskiej.